W wieku XIX podniszczoną przez pożary szkołę magistrat miasta sprzedał na rozbiórkę za 100 talarów. Na to miejsce zakupiono w

rogu rynku miejskiego, przy ulicy wówczas Szkolnej, a obecnie obok restauracji „Elida”, duży budynek za 1050 talarów, z

przeznaczeniem na szkołę. W czerwcu 1862 r.  szkoła  przy ulicy Szkolnej spłonęła i wtedy zaadaptowano  pomieszczenie po browarze

przy ulicy Leśnej (obecnie - Zaułek Nadleśny).

  Ostatecznie miasto, chcąc rozwiązać problem oświaty, zakupiło w lutym 1866 r. plac pod budowę. Obecnie znajduje się na nim Publiczne

Gimnazjum. Budowę zakończono w 1867 r. W nowym budynku mieściła się czteroklasowa szkoła miejska i jednoklasowa szkoła

narodowa. Rok później połączono obydwie szkoły. W1873 r. wprowadzono jako wykładowy język niemiecki.

    W latach 1929-1930 szkołę w Miłomłynie zmodernizowano i odrestaurowano. Wówczas zajęcia odbywały się w budynkach zastępczych:

sali posiedzeń Urzędu Miasta i świetlicy parafialnej. Wkrótce wybuchła II wojna światowa.

       Organizacja i rozwój szkolnictwa, mimo niesłychanie trudnych warunków w okresie powojennym, postępowały dość szybko.

Jako pierwsza pracę dydaktyczno-wychowawczą w Miłomłynie podjęła 15 XI 1945 r. Wanda Gumienna. Podczas działań wojennych

budynek szkoły uległ dużemu zniszczeniu, poniemiecka szkoła leżała w gruzach. W uruchomieniu placówki pomagał Urząd Gminy i

Ostróda. Szkoła nie posiadała mebli, dzieci nie miały książek i zeszytów, pisały na czystych kartkach poniemieckich książek urzędowych.

Początkowo szkoła została zlokalizowana  w budynku poczty przy ulicy Twardej. Naukę rozpoczęło dwóch uczniów ale liczba  ta szybko

rosła.

     W latach 1948-1949 funkcję kierowników pełnili kolejno Roman Welke i Edward Mazur. Do 1950 r. szkoła dwukrotnie zmieniała swą

siedzibę. Zajmowała czasowo budynek „na wyspie” oraz budynek ośrodka zdrowia. W 1948r. powołano Komisję Odbudowy Szkoły. Prace

remontowe ukończono w 1950 r. W 1949 r. kierownictwo szkoły objął Tadeusz Górski. Kierownikami w następnych latach byli: Jan Gross,

Leonia Kowalik, Zdzisław Chmieliński oraz Edward Radkiewicz.

W 1973 r. powołano Zbiorczą Szkołę Gminną z gminnym dyrektorem szkół, którym został wymieniony Edward Radkiewicz.  Objął on

także stanowisko inspektora szkół. Na stanowisku dyrektora szkoły zastąpił Go Zbigniew Kuciński.

Kolejnym dyrektorem był Jerzy Gębura.

      W następnych latach szkoła została rozbudowana.  Wybudowano salę gimnastyczną, kuchnię ze stołówką, pokój nauczycielski, trzy

klasy oraz salę do gimnastyki korekcyjnej i gabinet dla pedagoga szkolnego. Przez wiele lat funkcję dyrektora pełnił Jerzy Jankowski.   

W 1999 r. powołano Zespół Szkół w Miłomłyni, w skład którego wchodziła Szkoła Podstawowa i Gimnazjum.

W sierpniu 2001r. rozwiązano Zespół Szkół i utworzono dwie odrębne szkoły: Publiczną Szkołę Podstawową i Publiczne Gimnazjum.

Gimnazjum  pozostało w budynku szkolnym przy ulicy Pasłęckiej 15. Szkoła Podstawowa znalazła się w trudnych warunkach lokalowych.

Zajęcia odbywały się w kilku miejscach: w parterowym skrzydle szkoły podstawowej, budynku adoptowanym po byłym przedszkolu przy

ul. Rynkowej oraz pomieszczeniu wynajmowanym w prywatnym mieszkaniu.  Dyrektorem była wówczas Maria Czodrowska, natomiast w

2002 r. zastąpiła ją Grażyna Potkaj.

We wrześniu 2004 r. rozpoczęła się długo oczekiwana rozbudowa szkoły.

W rekordowym tempie, bo w  trzy miesiące, powstał nowy budynek naszej placówki.

14 stycznia 2005 r. odbyło się uroczyste otwarcie.

Na tę chwilę czekało bardzo wiele osób: dzieci, rodzice oraz nauczyciele. Budynek jest piętrowy, kolorowy, ze świetlikiem dachowym, posiada dodatkowo osiem sal lekcyjnych, pracownię multimedialną, gabinet pedagoga, ładne toalety i dwa duże hole.